Dans la nuit du 14 au 15 juin, des avions allemands survolent Bordeaux.
Dans la nuit du 19 au 20 juin, la Luft waffe bombarde Bordeaux, faisant 68 tués et 185 blessés.
Le 25 juin, la base Cazaux est remise aux autorités Allemandes.
Fin juin, évacuation de la BAN d'Hourtin puis occupation par les Allemands.
Le 1er juillet, la base de Mérignac est officiellement remise aux autorités allemandes.
Le 2 août, le I./KG 40 est transféré à Bordeaux-Mérignac avec 9 Fw 200C-1 et C-2 en provenance de Brest.